Το Π.Μ.Σ. στην Επιστήμη των Υπολογιστών προσφέρει ένα σύγχρονο πρόγραμμα σπουδών, το οποίο καλύπτει ένα ευρύ φάσμα αντικειμένων της Πληροφορικής, δίνοντας έμφαση στην έρευνα και και την καινοτομία.
Κάθε φοιτητής που επιλέγεται για το Π.Μ.Σ. προσδιορίζει μία ερευνητική περιοχή της επιστήμης των υπολογιστών στην οποία ενδιαφέρεται να εμβαθύνει. Ο φοιτητής παρακολουθεί 4 μαθήματα εξειδίκευσης κατά το 1ο εξάμηνο και 4 μαθήματα εξειδίκευσης κατά το 2ο εξάμηνο από τα προσφερόμενα. Κατά το 3ο εξάμηνο ο φοιτητής εκπονεί ερευνητική διπλωματική εργασία.